违法用地的确权需要遵循一定的法律程序和规定。以下是具体的步骤和注意事项：
对于违法宅基地，如擅自建住宅等，首先需要依法处理，包括拆除违法建筑、罚款等。
对于未经批准占地建房，如果符合土地利用总体规划且符合建房条件，可以通过补办用地审批手续、缴纳相关费用等方式进行确权登记。
宅基地权属调查是确权的重要环节，包括宅基地的范围、界线、界址、权属性质、用途等情况的调查和记录。
在调查过程中，需要相邻各方认定，并填写宅基地地籍调查表，绘制宗地草图。
审核公告与登记发证，经土地行政主管部门审核通过后，对符合登记要求的宗地进行公告，公告期满无异议后，签署同意登记发证的意见。
若超占面积符合当地规定的一定范围内，可能通过缴纳一定的超占费用等方式，在补办相关手续后进行部分确权。
如果超占面积过大且不符合当地政策规定，超占部分不予确权登记，只对合法面积部分进行确权。
对于违章建筑，可以通过规划部门的核实、法律途径（如向法院提起诉讼）或与相关权利人协商达成一致（如购买、赔偿等方式）进行确权。
在确权过程中，需要提供充分的证据材料，如土地调查报告、权属证明等。
对于土地权属争议，可以通过协商、调解等方式解决；若无法协商解决，可以依据相关规定向有关部门申请土地确权。
总之，违法用地的确权必须遵循依法依规、先处理违法问题再考虑确权的原则。具体操作过程中，需要充分调查取证，依法进行处理，并通过合法途径解决权属争议。建议涉及违法用地的情况，及时咨询当地国土资源行政主管部门或法律专业人士，以确保确权过程的顺利进行。