还了钱还有逾期的情况可能由以下原因造成：
征信机构更新信用报告可能存在延迟，即使已经按时还款，但征信机构尚未收到放贷机构的最新还款信息，导致报告中显示逾期。
放贷机构或征信机构的系统可能出现故障或错误，导致还款信息未能正确录入或更新。
有些放贷机构有固定的还款处理周期，如果在周期开始前还款，该笔还款可能会被记录为下一个周期的还款，从而产生当前周期的逾期记录。
如果设置了自动扣款，但由于账户余额不足或其他原因导致扣款失败，即使后来手动还款，也可能会产生逾期记录。
借款人未按照协定的金额还款，导致系统仍显示逾期。
还款方式选择错误，如跨行转账、支付宝等，可能导致还款延迟或失败。
如果通过中介代还，但中介没有及时将款项转至约定账户，也会导致逾期。
借款人还款后，银行或贷款机构的系统需要一定时间进行更新，如果还款时间与系统更新时间存在时差，可能导致系统在更新前发送逾期提醒短信。
为了避免这种情况，建议您：
提前还款：尽量在还款日当天尽早还款，以确保还款资金及时到账。
确认还款金额：仔细核对还款金额，确保足额还款。
关注自动扣款：确保自动扣款账户余额充足，并关注扣款结果。
了解还款处理周期：提前了解放贷机构的还款处理周期，合理安排还款时间。
及时更新征信报告：如果发现征信报告中有误，及时联系放贷机构和征信机构进行核实和更正。
通过以上措施，可以有效减少因各种原因导致的逾期记录。