合同上写着3500元可能有以下几个原因：
公司可能通过将合同上的工资标准设定为3500元，以降低企业应缴纳的社保和公积金基数，从而达到合理避税的目的。这种做法在许多企业中是常见的，因为社保和公积金的缴纳基数通常与劳动合同上的工资挂钩，而较低的基本工资意味着企业可以节省相应的费用。
劳动合同上的基本工资通常用于计算加班费。如果合同上写的是3500元，那么公司会按照这个标准来计算你的加班费，这可能导致你实际得到的加班费比按实际工资6000元计算的要少很多。
在发生劳动纠纷时，赔偿金的计算往往基于劳动合同上的工资数额。如果合同上写的是3500元，那么在计算赔偿金时，你可能只能获得相当于3500元的赔偿，这对你来说是不利的。
合同上写的基本工资一般都会高于当地的最低工资标准，以确保合同的合法性和可执行性。基本工资是固定的一部分，而其他补贴和津贴可能是不固定的，因此不写入合同是合理的做法。
在签订合同时，公司可能只写一个基本工资，而你的实际综合工资可能更高。基本工资通常包括固定部分和一些不确定的补贴和津贴，这些不确定的部分通常不会写入合同。
综上所述，合同上写着3500元可能是为了避税、方便计算加班费、赔偿金，以及确保合同的合法性和可执行性。然而，这种做法可能会对你未来的权益产生不利影响，因此在签订合同时，建议你仔细审查合同条款，确保自己的权益得到充分保障。