在公司股权变更过程中，需要缴纳的税种主要包括个人所得税、印花税和企业所得税。具体税务处理如下：
征税对象：个人股东转让其持有的公司股权时，所得收益需要缴纳个人所得税。
税率：财产转让所得适用20%的比例税率，但若转让价格明显偏低且无正当理由，税务机关可以核定其应纳税额。
计税依据：股权转让收入减去股权原值和合理费用后的余额。股权原值通常指个人取得该股权时支付的价款及相关税费。
征税对象：股权转让过程中双方签订的股权转让协议属于书面合同，需要缴纳印花税。
税率：产权转移书据适用万分之五的比例税率。
计税依据：股权转让协议上所载的金额，若协议中未明确载明金额，则按照实际结算的金额计税。
征税对象：如果转让方是公司而非个人，则股权转让所得需要计入公司的应纳税所得额，并按照企业所得税法的规定缴纳企业所得税。
税率：企业所得税的基本税率为25%，但对于符合条件的小型微利企业，可能享受较低的税率或税收优惠（如20%或15%的税率）。
计税依据：应纳税所得额等于股权转让收入减去股权计税成本后的余额。
建议
个人股东：在转让股权时，应仔细计算应纳税所得额，并确保遵守相关税收法规，以避免潜在的税务风险。
公司股东：在进行股权变更时，公司应准备好相关财务文件，并咨询专业的税务顾问或税务机关，以确保合规操作并优化税务负担。
通过以上分析，可以看出公司股权变更涉及的税务问题较为复杂，建议相关当事人咨询专业税务机构，以确保合法合规并最大限度地减少税务成本。