在职员工申请劳动仲裁的流程如下：
申请人需向劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。仲裁申请书应包括双方当事人基本信息、仲裁请求和所根据的事实与理由、证据和证据来源、证人姓名和住所等内容。
申请人应准备以下材料：
申请人身份证明（个人申请提供身份证复印件，单位申请提供营业执照复印件）。
被申请人身份证明（如公司营业执照复印件）。
证据目录和证据材料（具体问题具体分析）。
劳动争议仲裁申请书。
授权委托书（如有）。
向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提出申请。若双方分别向两地申请，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。
提交材料后，劳动争议仲裁委员会在五日内决定是否受理，并通知申请人。若受理，会发给《受理案件通知书》和《开庭通知》。若不予受理，会发出《不予受理决定书》并说明理由。